反滲透系統在停止運行后，一般都要自動沖洗一段時間，然后根據停運時間的長短，決定是否需要采取停用保護措施或者采取什么樣的停用保護措施。在反滲透系統再次開機時，對于已經采取添加停用保護藥劑的系統，應該將這些保護藥劑排放出來，然后再通過不帶壓沖洗把這些保護藥劑沖洗干凈，最后再啟動系統。對于沒有采取添加停用保護藥劑的系統，此時系統中一般是充滿水的狀態，但這些水可能已經在系統中存了一定的時間，此時也最好用不帶壓沖洗的方法把這些水排出后再開機為好。有時，系統中的水不是在充滿狀態，此時必須通過不帶壓沖洗的方法排凈空氣，如果不排凈空氣，就容易產生“水錘”的現象而損壞膜元件。
